Perguruan Attaqwa memiliki 4 Pondok Pesantren, 2 berada di Yayasan Pusat, dan 2 berada di Yayasan Cabang. Adapun keempat pondok pesantren yaitu:

1. Pondok Pesantren Attaqwa Pusat Putra
2. Pondok Pesantren Attaqwa Pusat Putri
3. Pondok Pesantren Attaqwa 02 Tanjung Air
4. Pondok Pesantren Attaqwa 03 Pondok Soga